Первой железной дорогой на территории современного Таджикистана стала линия Урсатьевская – Андижан, проложенная в 1897 году. Она прошла через север страны и соединила Ходжент с сетью железных дорог Российской империи.

В 1907 году была сдана первая очередь будущей Сулюктинской узкоколейной железной дороги, предназначенной для перевозки угля.

В 1926–1930 годах была проложена линия Термез – Душанбе – Янги-Базар (Вахдат).

В 1938 году на севере республики была проложена ветка Канибадам – Шураб.

В 1930-е годы на юге Таджикистана была проложена узкоколейная железная дорога Душанбе – Нижний Пяндж, а в 1950 – Курган-Тюбе – Куляб.

В 1990-е годы они были закрыты и разобраны.

В 1960-70-е годы была введена в эксплуатацию новая линия Термез – Курган-Тюбе – Яван.

Первой железной дорогой Таджикистана, построенной в годы независимости, стала линия широкой колеи Курган-Тюбе – Куляб, открытая в 1999 году.
С марта 2009 года начато строительство линии Вахдат – Яван. 24 августа 2016 года указанная линия сдана на эксплуатацию.